藥典蛋白質組學分析標準二次公示，并修改和增加QC評價標準

隨著質譜技術以及色譜與質譜聯(lián)用技術的快速發(fā)展，蛋白質組學分析技術在未知蛋白質的鑒定、蛋白質結構的解析、靶向蛋白質定量、以及生物技術藥物研發(fā)、質量控制和體內藥代動力學研究方面應用越來越廣泛。

藥典委擬制定《中國藥典》蛋白質組學分析方法及應用指導原則，并于2024年2月20日發(fā)布第一版公示稿并征求意見。

為確保標準的科學性、合理性和適用性，現(xiàn)將擬增訂的蛋白質組學分析方法及應用指導原則（第二次）公示征求社會各界意見（詳見附件）。公示期自發(fā)布之日起一個月。

蛋白質組學分析基本流程主要包括：1. 蛋白樣品的提取，變性還原，酶解與多肽分離富集；2. 多肽的分析與鑒定；3. 數(shù)據(jù)分析。在分離和富集中采用凝膠電泳和色譜技術，分析與鑒定中采用質譜、二維凝膠電泳、X射線分析、核磁共振波譜和透射電子顯微鏡技術。

蛋白質組學分析方法及應用指導原則第二次公示稿

修改說明 

根據(jù) 2024 年 2 月蛋白質組學分析方法及應用指導原則第一次公示稿的反饋 意見和建議，國家藥典委員會相關專業(yè)委員會進行了研討，在第一次公示稿的基 礎上修訂了部分內容，主要為：

一、適用范圍

1. 將文中“蛋白”修改為“蛋白質”。

二、蛋白質組學的分析策略 

1. 將“通過質譜分析技術檢測到肽指紋圖譜進行多肽的鑒定和定量分析” 修改為“通過質譜分析技術檢測肽段一級與二級譜圖進行多肽的鑒定和定量分 析”。

2. 將文中“圖譜”修改為“譜圖”。

三、蛋白質組學分析方法 

1.“2.1 質譜技術”增加其他質譜碎裂技術，修訂為：“蛋白質組樣品經過提 取、分離富集或者進一步變性還原、酶切、多肽分離富集處理后，選擇適宜的分 離系統(tǒng)導入離子源離子化，電離生成帶電荷離子，離子通過碰撞誘導解離 （Collision induced dissociation, CID）、高能碰撞誘導解離 High energy collision dissociation, HCD）、電子活化解離（Electron activated dissociation，EAD）或其 它適宜的解離技術進行碎片化，后在加速電場的作用下形成離子束進入質量分析 器，通過質量分析器分離和過濾不同質核比的離子，過濾后的離子最終經檢測系 統(tǒng)轉換為可測量的信號，從而得到質譜圖，以獲得蛋白質的相關信息”。 

2. 將文中“質核比”修改為“質荷比”。 

3. 將“數(shù)據(jù)庫檢索對肽段碎裂質譜譜圖和數(shù)據(jù)庫中的理論序列譜圖進行匹 配，實現(xiàn)肽段鑒定”修改為“質譜數(shù)據(jù)文件的數(shù)據(jù)庫檢索對肽段碎裂質譜譜圖和 數(shù)據(jù)庫中的蛋白質計算機模擬消化肽段碎裂模式進行匹配，以進行肽段鑒定”。

4. 將“肽譜圖匹配（peptide spectrum matching，PSM）”，“肽譜圖匹配 （peptide-spectrum matches，PSM）”，統(tǒng)一為“肽段譜圖匹配 (peptide-spectrum matches, PSMs)”。 

5. 將“統(tǒng)計學分析（如 p 值）”修改為“統(tǒng)計學指標（如 p 值）”。  2024 年 6 月 與第一次公示稿比較，修改處加橙色標記 

四、蛋白質組學分析的質量控制 

1. 在表 1 中增加樣品處理中酶解漏切率、酶解位點特異性等 QC 評價指標 及描述；增加色譜分析中峰寬和半峰寬等 QC 評價指標及描述；增加質譜分析中TIC 圖等 QC 指標及描述。

2. 調整儀器性能參數(shù)的描述順序。將“建議結合儀器的性能進行設置，例 如可將兩個參數(shù)均設置為 20ppm，也可以將母離子質量誤差設置為 10ppm，子離 子質量誤差設置為 0.02Da”修改為“建議結合儀器的性能設置質量誤差，如將母 離子質量誤差設置為 10 ppm，子離子質量誤差設置為 0.02 Da，也可將兩個參數(shù) 均設置為 20 ppm”。

3. 將“鑒定的蛋白質應具有至少 70%的覆蓋率，即被鑒定的多肽的氨基酸 序列覆蓋蛋白質氨基酸序列的百分比，70%的蛋白覆蓋率可提高鑒定結果的可信 度和全面性”修改為“蛋白質覆蓋率是指被鑒定的多肽的氨基酸序列覆蓋蛋白質 氨基酸序列的百分比，70%及以上的蛋白質覆蓋率可提高鑒定結果的可信度和全 面性”。